9 февраля 1990 года Минвуз РСФСР своим приказом № 90-1 перевел МАТИ на новые экономические условия хозяйственной деятельности.
14 марта 1990 года издан приказ ректора Б.С. Митина о введении в НИЧ института системы внутреннего хозрасчета.
1990 год – введен в эксплуатацию новый учебно-лабораторный корпус «В» площадью 26 квадратных метров строящегося комплекса МАТИ в Кунцевском районе, на Оршанской улице, 3.
1991 год – для решения задач по участию МАТИ в международном рынке образовательных услуг созданы Международная служба под руководством проректора В.И. Круглова и Международный факультет во главе с деканом С.Г. Куликом.
1991 год – создан первый в МАТИ учебно-научно-производственный комплекс (УНПК), базировавшийся в помещениях по улице Полбина, 45, в который вошли кафедры ТПКМиЗП и ТОМПВЭ вместе с их отраслевыми и другими лабораториями, малыми предприятиями и кооперативами.
1 сентября 1991 года приказом ректора Б.С. Митина прекращена деятельность партийной и комсомольской организаций института.
11 декабря 1991 года в условиях зарождавшейся в стране рыночной экономики вышло постановление № 256 ГК СМ РСФСР по делам науки и высшей школы, во исполнение которого в МАТИ было учреждено Государственное предприятие «Научно-исследовательская часть МАТИ им. К.Э. Циолковского» в составе единого учебно-научно-производственного комплекса, произведено соответствующее разделение баланса, бухгалтерский учет ГП НИЧ МАТИ стал осуществляться в порядке, установленном для бюджетных организаций.
Декабрь 1991 года – создан внутривузовский Центр социально-психологических проблем обучения и воспитания, руководимый проректором по делам студентов Е.Р. Гермацкой.
Июнь 1992 года – организован пятый дневной факультет для подготовки специалистов в области информационных технологий и автоматизации технологических процессов, деканом которого был назначен профессор Л.А. Муравей.
Сентябрь 1992 года – в соответствии с законом «Об образовании» и Постановлением Правительства РФ от 13 марта 1992 года в МАТИ осуществлен первый набор студентов на четырехлетнюю бакалаврскую подготовку по всем лицензированным направлениям в области науки и техники.
1992 года – при кафедре культуры и истории создан Центр социального образования, что явилось выполнением решения Комитета по высшей школе РФ об образовании межвузовских центров для организации и координации учебно-методической работы, научных исследований, создания нового поколения учебных программ и методического обеспечения гуманитарной подготовки бакалавров и магистров технических вузов.
Декабрь 1992 года – в целях повышения эффективности управления и развития учебного процесса приказом ректора на базе Учебного отдела создано Учебное управление МАТИ.
26-27 января 1993 года в МАТИ состоялась организованная по его инициативе Всероссийская конференция «Проблемы формирования личности инженера ХХI века», которую открыл и вел пленарное заседание ректор Б.С. Митин.
10 марта 1993 года Госкомвуз России приказом № 52 утвердил изменение статуса МАТИ, переименовав его сначала в Московский государственный авиационный технологический университет им. К.Э. Циолковского», а с 1998 года в — МАТИ — РГТУ им. К.Э. Циолковского.
1993 год – представители Международной службы МГАТУ во главе с ректором Б.С. Митиным впервые приняли участие в международной образовательной ярмарке, проходившей в Сеуле.
1993 год – подписаны договора о сотрудничестве с рядом университетов США, расположенными в Вирджинии, Техасе, Пенсильвании.
5 марта 1994 года на МГАТУ была возложена ответственность за курирование образовательного направления 551600 «Материаловедение и технология новых материалов» в рамках его деятельности в составе Учебно-методического объединения вузов в области авиации, ракетостроения и космоса, где университет был представлен ректором Б.С. Митиным в качестве сопредседателя УМО АРК, а также проректорами В.Ф. Мануйловым и П.Г. Бабаевским.
17 августа 1994 года ректор Б.С. Митин убедил участников Первого Международного Аэрокосмического Конгресса в Москве учредить «Международный Фонд попечителей МГАТУ им. К.Э. Циолковского».
Сентябрь 1994 года – создан Экономический факультет № 6, возглавленный профессором В.В. Бойко и осуществивший свой первый выпуск специалистов по кафедре экономики производственного менеджмента в 1998 году.
1995 год – при МИПК МГАТУ создан Региональный учебный центр для обучения уволенных в запас офицеров и членов их семей по специальности «Производственный менеджмент», что было сделано во исполнение постановления СМ РФ от 23 октября 1993 года № 1081 о реализации программы переподготовки кадров в условиях широкомасштабного сокращения Вооруженных сил и конверсии военного производства в России.
15 марта 1995 года на заседании Коллегии Госкомвуза РФ «О программе развития инженерного образования» с основным докладом выступил Президент Ассоциации инженерного образования России, сопредседатель УМО АРК, ректор МГАТУ, профессор Б.С. Митин, получив одобрение своих предложений о совершенствовании перечня направлений и специальностей инженерной подготовки, образовательных программ и гуманитарной составляющей обучения в технических вузах.
Май 1995 год – в честь 50-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне в МГАТУ был проведен фестиваль «Салют Победы», заключительный концерт которого прошел Колонном зале Дома Союзов.
1995 год – началось сотрудничество с Техническим университетом Делфт в Голландии и с иранскими университетами, для которых проводилась подготовка студентов по программам специальностей МГАТУ.
1995 год – университетом учреждено ЗАО «Берниковская управляющая компания», основным партнером в котором стала международная компания «Moscow one LTD», построившая на территории МГАТУ на Николоямской улице новое здание общей площадью 1200 квадратных метров.
12 мая 1996 года МГАТУ получил согласие заместителя председателя Госкомвуза России В.Д. Шадрикова на самостоятельную разработку и реализацию индивидуальных профессиональных образовательных программ учебных планов по техническим направлениям и специальностям.
27 мая 1996 года в МГАТУ прошла первая Российско-Южнокорейская научная конференция по материаловедению.
Июль 1996 года – состоялся первый выпуск бакалавров по шести направлениям подготовки.
1996 год – организован филиал МГАТУ на ГКНПЦ им. М.В. Хруничева, названный «Аэрокосмическим университетом целевой подготовки специалистов».
1996 год – на базе подразделений второго и пятого факультетов создан учебно-научный комплекс (УНК) аэрокосмических конструкций и технологий (АККИТ) под руководством профессора В.П. Соколова.
30 октября 1996 года образована университетская комиссия, разработавшая и в 1997 году утвердившая на Ученом совете Концепцию развития МГАТУ на 1997 – 2022 годы.
Декабрь 1996 года – МГАТУ прошел первую комплексную проверку в Качестве университета и получил государственную аттестацию и аккредитацию с возобновлением лицензий на ведение образовательной деятельности по шести направлениям и пятнадцати специальностям.
26 мая 1997 года ученые МГАТУ приняли участие во второй Российско-южнокорейской научной конференции по материаловедению, прошедшей в Корейском институте материаловедения и машиностроения в Сеуле.
3 сентября 1997 года IV Конгресс Международного фонда попечителей МГАТУ, состоявшийся в Москве, рассмотрел и утвердил Устав МФП.
Сентябрь 1997 года – в целях совершенствования гуманитарного образования и на основании Приказа Минвуза РФ от 15 июля 1997 года № 1565 в МГАТУ создан Центр гуманитарного образования по проблемам развития личности, директором которого был назначен проректор А.Ю. Ховрин, а научным руководителем доцент Т.Э Петрова.
19 февраля 1998 года Ученый совет принял решение о создании Высшей инженерной школы (ВИШ) электронной техники и технологии согласно Указу Президента России от 23 июля 1997 года № 764 «О дополнительных мерах по повышению эффективности реализации Президентской программы развития электронной техники в России» и Постановления Правительства Москвы от 5 августа 1997 года № 583 «О создании в Москве территориально-промышленной зоны с особым статусом на базе предприятий электронной промышленности города Зеленограда».
1998 года – создана Высшая школа физики и математики на базе кафедры физики МГАТУ, руководимой профессором Н.Н. Беклемишевым, призванная осуществлять подготовку и переподготовку соответствующих специалистов вузов страны.
26 марта 1998 года получено в Министерстве юстиции РФ «Свидетельство о регистрации общественного объединения «Международный фонд попечителей Мати ргту им Циолковского»».
Июль 1998 года – осуществлен первый выпуск магистров по четырем направлениям подготовки.
1998 год – введены в строй два новых учебно-лабораторных корпуса второй очереди строительства на Оршанской улице, 3.
1998 год – при МАТИ-РГТУ создан Московский колледж космического машиностроения путем реорганизации Московского техникума космического машиностроения при Государственном космическом научно-производственном центре им. М.В. Хруничева.
1998 год – открылся Инновационно-технологический центр (ИТЦ), в задачу которого входила разработка перспективных технологий с последующим их трансфертом на промышленные предприятия.
Июль 1999 года – специальным решением сессии Экономического и Социального Совета ООН МФП МГАТУ был присвоен консультативный статус, а совместно с МИД РФ Фонд был определен представителем в ООН неправительственных организаций.